故事接續紅色警戒2的盟軍結局：蘇聯戰敗，領導人羅曼諾夫被俘，但他的顧問尤里不知所蹤。原來尤里在美蘇大戰之際，暗地在全世界部署他的心靈控制技術，企圖控制整個世界。

尤里利用白宮簡報會的時機，插入映像告訴美國總統杜根，聲稱自己在全球建立了一個由心靈控制器組成的網絡，并計劃用心靈控制整個行星。其中一個心靈控制器就部署在舊金山的惡魔島，而且馬上就要啟動了。

杜根總統立刻下令對心靈控制器展開空襲，但所有AV-8B攻擊機全數被擊落，雖然其中一架撞入惡魔島的核反應堆，造成設備缺電而不能啟動，但尤里啟動了其它地方的心靈控制器，結果地球上大多數人迅速被尤里徹底控制了……

蘇軍劇情：

任務一：

本關尤里新兵會不斷地上岸和我們爭奪發電廠，所以我方要派工程師修理地圖上方的倉庫并派動員兵駐守，這樣可以擋住不少搶灘的敵人?；氐娇铸垥r代后，立刻派運輸船到地圖左上角的小島，能找到一頭霸王龍加入我方。當再次回到新的時間線時，霸王龍會成為最強的助力。

任務二：

首先用V3導彈車引爆三個德軍基地的油桶，確保里面的坦克殺手全數毀滅。然后放棄行動緩慢的V3，大軍集結往地圖上方移動，到盡頭后向左方移動，繞過美軍基地直攻愛因斯坦實驗室，可以很快地完成任務，否則時間拖得越長，美軍的防御工事會建得越多。

任務三：

游戲一開始就把鮑里斯塞進防空運兵車中，迅速通過基地左側的橋梁（動作慢的話會被炸毀），之后沿地圖左側前進，接近目的地后用鮑里斯呼叫米格將心靈信標炸毀，這樣就能不費吹灰之力將整支美軍納入麾下。

美軍投誠后，心靈風暴的倒計時開始，美蘇聯軍將攻擊重點放在尤里的電廠上，一旦他們電力不足，倒計時就會停止，之后的進攻就輕松了。

任務四：

由于蘇軍沒有類似光棱坦克這種超長射程的載具，因此面對大量尤里復制人部隊會非常頭痛。本關盡量不要生產天啟這種大殺器，進攻部隊以動員兵和礦車為主，礦車最大的優點是皮厚且對心靈控制免疫，小機槍傷害值不高，但對付步兵已經足夠。

另外，尤里新兵最喜歡占領建筑當碉堡，因此要生產幾輛V3導彈車隨軍，用來推掉尤里基地附近的建筑物。不要追求全滅敵人，盡快將領導人羅曼諾夫平安送到機場即可。

任務五：

本關打陸戰的話非常耗時間，唯一的樂趣是可以用大隊工程師自殺式去控制尤里的巨石像碉堡。想速攻的話就興建船塢，生產一隊潛艇，直接摸到尤里基地的中央，摧毀他的雷鳴潛艇基地。一旦得手，尤里軍就會賣掉所有的建筑，將全部兵力殺往蘇軍的基地。此時我們只需做好防御工事，守株待兔即可。

任務六：

本關沒有任何礦物采集，只能靠手頭上現有的資金和消滅尤里分基地時得到的金錢工具箱。進攻部隊以海量的太空人和一隊天啟坦克為主力。對天啟坦克來說，唯一的威脅是心靈控制車和心靈控制塔，這時可以交給太空人去處理，又或者集結天啟火力迅速打掉心靈控制車。

對于太空人而言，最大的威脅自然是加特林機槍，人海戰術去打是死路一條，只能靠天啟坦克去解決。只要將兩個兵種靈活運用，通關并不困難。

任務七：

蘇軍最后一關絕對是硬骨頭，尤里除了自己的直系部隊外，還有美蘇的傀儡軍團協助，每次進攻都花樣百出，讓你應接不暇。在簡單地建立防御工事后，派出小部隊和工程師前往地圖右側的秘密實驗室，占領后可獲得建造巨炮的能力。另外左右兩側分別有尤里軍的回收工廠，破壞掉可以獲取可觀的資金。

地堡和巨炮防陸軍、防空車打基洛夫空艇，防御工作做好后可以量產武裝直升機，有一隊半至兩隊的數量（18至24輛）就可以直撲尤里的要塞。當你飛到要塞后方時，中間會被打掉一部分，剩下的馬上架起變成“圍攻坦克”，集中火力攻擊要塞，只要它一倒掉就大功告成！

尤里聯軍的隨機進攻方式（每個兵種的數量均大于或等于2）：

1，磁暴坦克+自爆卡車

2，天啟坦克+V3火箭車+防空運兵車

3，基洛夫空艇

4，搭載輻射工兵的防空運兵車

5，武裝直升機

6，雷達站戰機

7，尤里聯軍的各種步兵組合

8，蜘蛛

9，天啟坦克

10，灰熊坦克+光棱坦克+多功能步兵車

11，犀牛坦克+磁暴坦克+防空運兵車

2，火箭兵

13，搭載海豹特種部隊的運輸直升機

美軍劇情：

任務一：

要速通的話，首先將所有巨炮和精煉廠、甚至把雷達也賣掉，最大限度降低耗電量，如此只需占領一個發電廠就可以返回過去。

任務二：

盡快占領附近的大廈作為碉堡，防御工事搞好后掃蕩尤里的回收工廠，收集齊三位英雄人物后將他們塞進戰斗要塞中，變成一輛超級坦克，然后帶著一隊光棱坦克就能進行大掃蕩。

任務三：

我方的閃電風暴倒計時比尤里的核彈短，優先把地圖左上角尤里占領的發電廠炸掉。然后用手頭上有的坦克進攻基地上方的尤里發電廠，用工程師占領后（對自己手速有信心的可以直接摧毀），核彈就會因電力不足而中止倒計時。

與此同時，尤里會對我方占領的發電廠發起進攻，為了避免兵力過度分散，可以用坦克轟掉我方占領的所有發電廠（基地右側的除外），降低我方的防守壓力，同時尤里再也沒方法通過占領發電廠來重啟核彈。

由于閃電風暴的倒計時同樣因電力不足而停止，故做好防御工事后，應盡快用工程師占領地圖右下方的發電廠，這樣就優勢在我了。記得占領基地右方的機械商店，可以令坦克自動回血。另外，占領基地前方的瞭望塔能開全圖。

任務四：

由于資源短缺，開場后就讓譚雅帶著工程師乘直升機到地圖右側油井區，讓譚雅一人掃除守軍，只要工程師占領一個油井，我方就可以在此處建防御工事。在救出愛因斯坦前先不要破壞心靈風暴設備，這樣我們在救人之后就能使用。

任務五：

本關十分簡單，湊上一隊光棱坦克就可以平推了。唯一麻煩的是尤里新兵非常喜歡占領建筑來做碉堡，一個個炸十分耗時間。

任務六：

主要的難點是尤里的心靈控制車和飛碟，前者靠光棱塔，后者靠神盾艦（對空、可移動且不會被心靈控制）。為了增加防守資金，要盡快占領地圖右方的三個油井，只要完成防守任務，后面進攻階段就輕松多了。

任務七：

在做好蘇軍的防御工事前，不要建雷達，因為在美軍傳送過來的同時，尤里的超級武器也會開始倒計時。另外，只要我方不建海軍，尤里的雷鳴潛艇就不會主動進攻。故我方在生產一輛運輸船后就賣掉船廠，目的是運工程師到地圖右上方的小島占領油井，同時建一個礦廠，可以增加不少資金。

美軍到達后，要生產大量火箭兵，可以在美蘇基地間來回穿梭防備尤里的飛碟。與此同時，蘇軍的核電廠和美軍的超時空傳送儀要迅速建立，順利的話可以在心靈風暴啟動前把一小隊光棱坦克傳送到尤里基地，一舉將他們的超級武器毀掉。

尤里軍沒有超級武器后，我方就可以穩打穩扎。防守方面除了光棱塔外還要建巨炮，因為磁力坦克的射程比光棱塔還遠。另外，尤里的心靈控制車血量超厚，故光棱坦克至少有十五輛才好發起進攻，不然很容易因“自相殘殺”而全滅。

美蘇聯軍成功打敗了尤里，兩個平行宇宙開始融合。時間回到白宮簡報會，畫面由原來的尤里變成復活的卡維利將軍，而準備參加慶功宴的譚雅卻碰到了意想不到的“對手”…………