在扎卡耶夫死后的五年時間里，世界的局勢不僅沒有好轉，反而更加危機了。雖然扎卡耶夫倒下了，但倒下的也只有他一個人而已，他曾經的手下沃舍夫斯基領導著他的部隊贏得了俄X斯內戰的勝利，并且一舉坐上了俄總統的位子。扎卡耶夫則成了俄X斯的英雄烈士，而他另一部分余部則跟著馬卡洛夫活躍于整個世界。

馬卡洛夫不講規則，不分國界的進行著自己的戰爭，是個不折不扣的恐怖分子。但是他與扎卡耶夫的思想不同，他不效忠于任何國家，也沒有任何信仰，他所做的這一切只為了用鮮血所換來的金錢，而且馬卡洛夫非常痛恨沃舍夫斯基的所作所為，認為沃舍夫斯基是個背叛者！

為了應對這個爛攤子，美英等國家聯合組建了141特勤隊，這是一支擁有世界上最出色戰士的隊伍，其戰地指揮是約翰·普萊斯和約翰·麥克塔維什（肥皂），副指揮是西蒙·萊利（幽靈），他們的總指揮官是謝菲爾德將軍。但是隊長普萊斯卻在一次任務中被俘，至今下落不明！?

此時位于哈薩X斯坦天山山脈的俄軍捕捉到了美軍的一個軍用衛星，為了防止衛星上的軍事機密泄露，所以謝菲爾德派肥皂和加里·桑德森（小強）前往天山。他們潛入俄軍基地之后成功取回了衛星上的重要裝置攻擊識別模塊。

謝菲爾德是個城府很深的人，隨后在一次阿X汗的行動中一等兵約瑟夫·阿倫被謝菲爾德看中，并把阿倫照進141特勤隊，但阿倫入隊第一件事情并不是與其他隊員見面，因為有一個非常兇險的任務在等著他，謝菲爾德把阿倫安插到了馬卡洛夫的內部。這個昨天還在前線英勇奮戰的戰士，轉眼就被臥底到全世界最危險的人身邊，如果昨天的戰斗是正義的，那的戰斗絕對是邪惡的。

馬卡洛夫帶著包括阿倫在內的一共五人血洗了俄X斯的飛機場，但是阿倫怎么也沒有想到他的臥底身份只是堅持了不到半天，在他們即將逃離的時候馬卡洛夫非常淡定的擊斃了阿倫，而這一槍的能量足以撼動世界，因為讓一個現役美軍特種兵躺在恐怖襲擊的現場是再有力不過的證據，現在全世界都認為是美X發動了這場襲擊，俄X斯對此肯定不會善罷甘休！

美X想要為自己正名，只有先把這個馬卡洛夫罪魁禍首找出來，目前唯一的突破口是提供給他武器的軍火商羅哈斯，隨后謝菲爾德安排141特情隊前往里約抓捕羅哈斯，在他們得手準備撤離的時候卻發現指揮部已經亂成一鍋粥，原來這個時候俄軍為了報復已經開始大肆入侵美X東海岸！

其實在小強和肥皂奪回識別模塊之前，俄軍已經對其進行了破解和復制，美X的預警衛星也就都變成了睜眼瞎，等空管用肉眼看到天上幾百架戰斗機飛過來的時候已經太晚了，美X被打了個措手不及，雖然美軍竭盡全力反擊，但是處在上風的俄軍還在向內陸繼續挺進！

隨后被困在里約的特情隊隊員們在老朋友尼古萊的幫助下撤離了這里，從羅哈斯嘴里只得到一件有用的情報，那就是馬卡洛夫非常痛恨627號犯人，他們打算利用627引出馬卡洛夫，可能這也是唯一能引蛇出洞的機會了。

這名囚犯被關在俄X斯的勞改營，這里關押著一些兇悍卻又不能被處死的人，在141特勤隊與美海軍會合后，便立刻向勞改營發動了攻擊，當他們找到627囚犯時，卻驚訝的發現他盡然是失蹤已久的隊長普萊斯。死里逃生的普萊斯帶著141的魂歸隊了，當普萊斯了解現在世界的局勢后評價到：“現在這個世界比我離開的時候更像地獄了”！

但普萊斯似乎有離開這個地獄的方法，他隨機帶領141特勤隊前往一處俄軍的核潛艇基地，他們來這的唯一目的只有一個，那就是向華X頓的上空發射一枚核彈。其實現在美X的首都華X頓因為俄軍的入侵已經快變成了廢墟，而仍處于優勢的俄軍甚至已經占領了白X，但是由于普萊斯這一看似瘋狂的計劃卻逆轉了當前的局勢，因為核彈在大氣層上被引爆，所以由此產生的電磁脈沖幾乎損壞了地面所有的電子設備，包括天上無數的俄軍戰機，這對俄軍來說絕對是致命的，但對于美軍來說是一次翻盤的好機會。

隨后美軍列兵拉米雷斯在上級福利中士的帶領下，開始圍剿剩下的敵人，他們的通訊設施因電磁脈沖影響均已損壞，但從白X附近的備用廣播得知因美軍司令部認為華X頓已經淪陷，所以派出戰機準備空襲整個地區，他們速戰速決重新奪回了白X，并在屋頂使用照明棒向飛過的空軍戰機示意終止轟炸任務，與此同時還有更多的樓頂冒出亮光，這也意味著美X本土戰火的結束。